Cieľom je vytvoriť nepriepustnú bariéru, ktorá zabráni návratu baktérií a infekcie. Tento postup patrí medzi kľúčové kroky v endodontickej liečbe a jeho hlavným účelom je uchovať prirodzený zub funkčný a bez bolesti, namiesto jeho extrakcie (vytrhnutia).

Ako výplň sa najčastejšie používa Gutaperča – prírodný, biokompatibilný a mierne elastický materiál získaný z miazgy tropických stromov. V kombinácii s koreňovým cementom zabezpečuje stabilné a pevné vyplnenie kanálikov. V súčasnej praxi sa často využíva aj termoplastická technika, pri ktorej sa Gutaperča zahrieva, aby sa dokonale prispôsobila tvaru kanálikov a eliminovala akékoľvek mikro priestory, v ktorých by sa mohli uchytiť baktérie.